由於早先台灣與日本的協議變更的關係，居留期限只要不超過三個月(90天)均可免簽證入境日本，對喜愛日本旅遊的人來說算是一大利多，儘管如此，還是有很多需要注意的細節，否則到時候被拒絕入境的話可就得不償失了。以下列出一些國人容易忽略的免簽赴日小知識。
①
雖說持有效台灣護照赴日免簽，但切記要注意自己的護照上有無「身分證字號」!如果是屬於後來才取得台灣國籍的人士或沒有身分證的新台灣居民，可能就會拿到沒有身分證字號的護照，若屬於這種身分的話，赴日仍須申請簽證，申請流程可以參考日本交流協會網站(要注意兩邊的規定有些許不同，申請第三國人簽證時建議先去電台北或高雄交協比較安心):
台北交流協會的說明：
http://www.koryu.or.jp/taipei-tw/ez3_contents.nsf/22/3F87A9AFAF1F19A2492579CA00360BA8?OpenDocument
高雄交流協會的說明：
②
旅行社都會說赴日旅遊的護照效期需有六個月以上，否則無法順利入境日本，事實上按照規定的確如此!但台灣與日本的關係比較特殊，儘管效期未滿六個月，只要回程的時候護照仍為有效的話即可正常出入境，前提是入境時一定要準備好回程機票的證明才可以!所以說，台灣的護照真的是很方便的東西啊~~
③
免簽入境時，攜帶超過一百萬日幣的現金或等值支票，需事先填寫申報表格向日本海關申報，未經申報而闖關的話是會被沒收的喔!詳細的規定可以參考日本海關的網頁：http://www.customs.go.jp/tokyo/zei/i_sodan2_6.htm
攜帶超額現金時所需填具的申報單長這樣:
http://www.customs.go.jp/kaigairyoko/H20k591_j.pdf
④
以免簽方式入境日本的話是不可以打工的!一旦有收入產生就得另外申請日本簽證，而簽證也有分可以打工跟不能打工的種類，申請時須特別注意!
⑤
帶貓狗等寵物入境日本時須提早40天進行相關手續的申請，詳細的程序可以參考日本動物檢疫所的網站:
http://www.maff.go.jp/aqs/animal/index.html
有一些屆時必須提出的台灣方面證明文件可以參考行政院農業委員會動植物防疫檢疫局的網站:
http://www.baphiq.gov.tw/index/index.html
若同行的寵物是貓狗以外的動物，又屬於比較特殊的狀況，需另外做不同的處理。
⑥
免簽入境日本時，若單次停留時間超過60天者，下次入關時易受到海關人員注意，因可能有非法工作的嫌疑之故，因此若有長期居留需求的話盡量以具備簽證的資格入關，且每次進入日本時所填寫的入關及海關申報單也要誠實填寫，由於個人工作關係接觸到不少因為是交給旅行社代填而寫錯的狀況，偏偏自己又不會日文無法跟海關人員解釋，就這樣被拒絕入境三年，且當天就被趕回台灣，實在是有夠悲情(ToT)/~~~所以絕對要老實填寫清楚並回答海關人員的問題喔!
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